Genetik terimler sözlüğü: gen, SNP, genotip, varyant ve diğerleri

Genetik terimleri anlamanın en kolay yolu, onları küçükten büyüğe doğru sıralamaktır. En küçük birim bazdır; bazlar yan yana dizilerek DNA'yı, DNA'nın anlamlı bölümleri genleri, genler de kromozomlar üzerinde bir araya gelerek genomu oluşturur. Aşağıdaki tablo bu temel kavramları bir arada gösteriyor.

Genlerin çoğundan iki kopya taşırsın: biri annenden, biri babandan gelir ^[2]. Bu iki kopya yapı olarak çoğu zaman aynıdır ama bazı noktalarda küçük farklar gösterebilir. Sözlüğün geri kalanı tam olarak bu farklarla ilgili.

SNP, İngilizce "single nucleotide polymorphism" ifadesinin kısaltmasıdır ve Türkçede tek nükleotit polimorfizmi olarak geçer. Genellikle "snip" diye okunur. NHGRI, SNP'yi DNA'daki tek bir baz konumunda görülen genomik bir varyant olarak tanımlar ^[7]. MedlinePlus ise SNP'lerin insanlar arasındaki en yaygın genetik farklılık türü olduğunu belirtir ^[6].

Bir örnekle düşünelim: DNA'nın belirli bir noktasında çoğu kişide sitozin (C) bulunurken bazı kişilerde aynı noktada timin (T) bulunabilir. İşte bu tek harflik fark bir SNP'dir ^[6]. Bir farkın SNP olarak adlandırılması için toplumun en az yüzde 1'inde görülmesi gerekir; daha nadir olan farklar genellikle bu gruba alınmaz ^[6].

• SNP'ler ortalama her 1.000 nükleotitte bir görülür ^[6].
• Bir kişinin genomunda yaklaşık 4 ila 5 milyon SNP vardır ^[6].
• Dünya genelindeki farklı topluluklarda 600 milyondan fazla SNP tanımlanmıştır ^[6].

Her SNP vücudun işleyişini etkilemez; bazı farkların hiçbir biyolojik etkisi yoktur ^[13]. Bilim insanları bazı SNP'lerin beslenme, kafein metabolizması ya da cilt özellikleri gibi alanlarla ilişkisini inceler. Örneğin kafeinin vücutta nasıl işlendiğiyle ilişkilendirilen genetik farkları kafein metabolizması ve genler yazımızda ayrıntılı anlattık.

NHGRI'ye göre genotip, genomdaki belirli bir konumda hangi varyantın bulunduğunun kaydıdır ^[9]. Bu kayıt iki şekilde yazılabilir: harf sembolleriyle (BB, Bb ya da bb gibi) veya o noktadaki gerçek DNA dizisiyle (CC, CT ya da TT gibi) ^[9]. Yani bir raporda "CT genotipi" gördüğünde, o noktada bir kopyanda C, diğer kopyanda T bulunduğunu anlarsın.

Fenotip ise gözlemlenebilen özelliklerin adıdır: boy, göz rengi ya da kan grubu gibi ^[11]. Fenotip hem genotipten hem de çevreden etkilenir ve ikisi arasındaki ilişki birebir değildir ^[11]. Beslenme, egzersiz ve sigara gibi etkenler de fenotipi şekillendirir; bazı durumlarda çevrenin etkisi genetik kadar, hatta daha fazla olabilir ^[11].

Bu nedenle aynı genotipi taşıyan iki kişi farklı alışkanlıklarla farklı sonuçlar yaşayabilir. Genlerin ne zaman açılıp kapandığını inceleyen alanı merak ediyorsan epigenetik nedir yazımız iyi bir devam olur.

Genetik varyant, bir geni oluşturan DNA dizisindeki kalıcı bir değişikliktir ^[5]. Eskiden bu değişiklikler için sıklıkla "mutasyon" kelimesi kullanılırdı. MedlinePlus, DNA'daki her değişikliğin bir sağlık sorununa yol açmadığını vurgulayarak "varyant" teriminin tercih edildiğini belirtir ^[5]. NHGRI de bazı varyantların vücudun işleyişini etkileyebildiğini, bazılarının ise hiçbir biyolojik etkisi olmadığını hatırlatır ^[13].

Varyantlar nasıl ortaya çıktıklarına göre iki gruba ayrılır ^[5]:

• Kalıtsal (germline) varyant: Anneden ya da babadan geçer, yumurta veya sperm hücresinde bulunur ve vücuttaki hemen her hücrede yer alır ^[5].
• Sonradan kazanılan (somatik) varyant: Hayat boyunca yalnızca belirli hücrelerde ortaya çıkar ve sonraki kuşağa geçmez. Güneş ışığı gibi çevresel etkenler ya da hücre bölünmesi sırasında DNA kopyalanırken oluşan hatalar buna yol açabilir ^[5].

SNP aslında bir varyant türüdür: tek bir bazı ilgilendiren ve toplumda yaygın görülen bir farktır ^[6]. Bazı varyantlar ise birden fazla bazı kapsar ya da çok daha nadirdir.

Alel, genomdaki belirli bir konumda bulunabilecek iki ya da daha fazla DNA dizisi seçeneğinden biridir; bu seçenek tek bir baz da olabilir, bir baz dizisi de ^[8]. Her konum için biri annenden, biri babandan olmak üzere iki alel taşırsın ^[8].

NHGRI'ye göre heterozigot, bir genomik işaretin her biyolojik ebeveynden farklı bir versiyonunu almış kişiyi; homozigot ise aynı versiyonu iki kez taşıyan kişiyi tanımlar ^[10]. Bir raporda hangi alelleri taşıdığın genellikle bu iki harfle gösterilir.

Poligenik özellik, iki ya da daha fazla genden etkilenen özelliktir; boy ve ten rengi bunun bilinen örnekleridir ^[12]. Bu özellikler tek bir genin basit kalıtım kurallarına uymaz ve pek çoğu çevreden de etkilenir; hem genlerin hem çevrenin rol oynadığı bu özelliklere çok etkenli (multifaktöriyel) özellik de denir ^[12].

Bu kavram, bilgi amaçlı genetik raporların neden kesin ifadeler yerine "eğilim" ve "ilişkilendirilen genetik farklar" gibi ifadeler kullandığını da açıklar. Tek bir SNP çoğu zaman bir özelliğin küçük bir parçasıyla ilişkilidir; geri kalanı başka genlere, alışkanlıklara ve çevreye bağlıdır. Aynı beslenme düzeninin neden herkeste aynı sonucu vermediğini bu yazımızda ele aldık.

Bilgi amaçlı bir genetik raporda genellikle şu yapıyı görürsün: incelenen bölgenin ya da SNP'nin adı, senin o noktadaki genotipin (örneğin CT) ve bu genotiple ilişkilendirilen genetik farkların sade bir açıklaması. Sözlükteki terimleri bildiğinde bu satırları okumak çok daha kolaylaşır. Satır satır okuma adımları için genetik test sonucu nasıl okunur yazımıza bakabilirsin.

Örneğin Dynova NutriCore raporu; vitamin ve mineral ihtiyacı, karbonhidrat, protein ve yağ metabolizması, kafein metabolizması ile laktoz ve gluten hassasiyetiyle ilişkilendirilen genetik farkları bu yapıda anlatır. Bu raporlar bilgi amaçlıdır, tanı ya da tedavi değildir. Bir rapor sayfasının nasıl göründüğünü örnek rapor sayfasında inceleyebilirsin.